Em 1999, o sistema público de saúde indígena, foi transferido da Funai (Fundação nacional do Índio) para a Funasa
(Fundação Nacional de Saúde) e resultou em um plano de organização de 34 Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DISEI)
para atendimento da população indígena brasileira. Quanto a organização do sistema de saúde indígena, cada DISEI conta com a parceria de ONGs e Prefeituras para executar as ações de saúde e muitos enfrentam dificuldades com orçamento e prestação de contas.

O Decreto n.º 3.156 de 27 de agosto de 1999,dispõe sobre as condições de assistência à saúde dos povos indígenas e a Medida Provisória n.º 1.911-8, que trata da organização da Presidência da República e dos Ministérios, onde está incluída a transferência de recursos humanos e outros bens destinados às atividades de assistência à saúde da Funai para a Funasa.
A participação indígena é garantida nos Conselhos Distritais de Saúde de composição paritária entre usuários indígenas (50%-metade), prestadores de serviços e profissionais de saúde que delibera sobre a elaboração do plano de saúde do distrito, avaliação das ações e apreciação de contas dos prestadores de serviços.
Em 31 de agosto de 1999, o Senado Federal aprovou a Lei no. 9.836/99, do projeto apresentado pelo Deputado Sérgio Arouca em 1994 baseado nos princípios gerais do relatório final da II Conferência Nacional de Saúde para os Povos Indígenas, que complementa a Lei Orgânica da Saúde (Lei 8080/90 e 8142/90).
A lei do Deputado Arouca determina que a atenção à saúde indígena “deve se pautar por uma abordagem diferenciada e global, contemplando aspectos da assistência à saúde, saneamento básico, nutrição, habitação, meio ambiente, demarcação de terras, educação sanitária e integração institucional”.
Ao Estado, cabe cumprir a responsabilidade de oferecer serviços médicos, mas também proporcionar os meios necessários. Com essa lei, a saúde também significa ter seu direito à terra, assistência a saude, esgotos e água tratada e encanada, boa alimentação, boa casa para morar, natureza preservada, trabalho, jogos e escola boa. Saúde é tudo isso
Os índios precisam saber qual o papel dos Conselhos Distritais e qual o perfil dos conselheiros para representar questões de interesse de toda a população de sua região distrital.
Os Conselhos são espaços de diálogo que valorizam a palavra dos representantes indígenas que se reúnem discute situação da saúde na aldeia, as reais necessidades e problemas de saúde do seu povo.
Há que ter cuidado, para que o conselheiro não seja alguém indicado pelo prefeito ou mesmo pela liderança, mas que possa representar as necessidades e cobrar os direitos à saude do seu povo